黄六一的主要研究领域是海洋捕捞和海上养殖设施。早在“十一五”期间，他便和福建省水产研究所合作开展国家863计划“新型离岸深水网箱成套装备及养殖技术”的研究，自此和福建渔业结缘了约20年。
在黄六一看来，由于台湾海峡的狭管效应，福建沿海深远海海域与北方海域比较具有风大、浪高、流急的海洋环境特点，且每年有多个台风经过。这不仅对养殖装备的抗风浪能力提出了更高要求，也让养殖水产品种的选择多了不少讲究。“以福建大规模养殖的大黄鱼为例，虽然其品种优良，但在强海流环境下也不容易生存。”
据黄六一介绍，如今山东、辽宁等北方省份正和福建积极开展深远海养殖合作，利用“南北接力”充分发挥各自的海域环境优势，“北方的鱼可以拉到南方来越冬，南方的鱼可以前往北方度夏”。通过这种因地制宜的跨区域养殖，福建深远海养殖可选择的水产品种将更加广泛，水产的品质和投入产出比也能得到提升。
丰富的海上风力资源，催生了我省多个深远海风电场。如何实现海上风电和海洋渔业的融合发展，也是黄六一的重点关注方向。黄六一告诉记者，近期他正在莆田等地开展海上风电与渔业融合项目的探索，推动两个产业的互补共赢，“该项目未来的发展空间值得期待”。